Behandlingen av cyster på eggstokkene avhenger av type cyste, årsak, størrelse og kvinnens alder. Fra oppdagelse av cysten via overvåkning til operasjon.
De fleste cyster som oppstår hos kvinner i fruktbar alder er funksjonelle cyster. De forsvinner naturlig i løpet av 3 måneder, selv om de kan forårsake komplikasjoner.
Hvis cysten ikke brister eller forårsaker blødning, er det nødvendig med kirurgisk behandling.
Behandlingen kan bestå av medisiner som krymper cysten, ikke-steroide antiinflammatoriske legemidler og smertestillende.
Ved tilbakevendende cyster gis p-piller for å forhindre eggløsning og dannelse av nye cyster.
Ved mistanke om kreft utføres ofte laparoskopi for å fjerne cystene.
Kirurgisk fjerning innebærer at man fjerner cysten gjennom et snitt og tar en prøve for biopsi for å utelukke kreft.