Det vanskeligste trinnet i behandlingen av ortoreksi er å akseptere at det kostholdet pasienten trodde var sunt, ikke er det.
Dr. Bratmann sier at denne behandlingen er litt enklere enn behandling av anoreksi eller bulimi, og han begrunner dette med at pasienten ofte blir bevisst sin egen avhengighet og besettelse av mat.
Dette er imidlertid et nøkkelmoment i behandlingen, for det vanskeligste er å akseptere virkeligheten.
Ideelt sett bør behandling for ortoreksi og andre spiseforstyrrelser ledes av en psykiater i samarbeid med en ernæringsrådgiver.